Sus usos más comunes son los medicinales, decorativos y gastronómicos. Para la elaboración de bebidas diuréticas, pasando por su destilación para la fabricación de bebidas alcohólicas. Pero por lo que el enebro es más conocido, es por ser el ingrediente principal de la ginebra, bebida a la que da sabor y aroma.
En cuanto a sus usos medicinales, las bayas del enebro se emplean para aliviar la gota y los dolores reumáticos, y por sus propiedades diuréticas se recomienda en casos de cistitis, por la medicina tradicional. También se ha utilizado como contraceptivo femenino, y para adelantar los partos.
Tienen propiedades balsámicas, expectorantes, sudoríficas y antisépticas de las vías respiratorias, y estimulan los jugos gástricos y las glándulas endocrinas. Puede resultar útil a los diabéticos, ya que posee propiedades como hipoglucemiante, y es altamente antiséptico, por lo que se ha usado para desinfectar heridas y llagas. En este sentido, el enebro también se ha usado para limpiar el ambiente, quemando sus raíces verdes.